Legenda o nastanku manastira vezana je za predanje da je podignut na mestu gde se Bogorodica javila 13-godišnjoj devojčici Milojki iz sela Đunis, koja je tog dana 24. jula 1898. godine radila u polju sa svojim sestrama i sa krčagom pošla na izvor po vodu. Kada je stigla do izvora zatekla je Presvetu Bogorodicu koja joj je rekla da na tom mestu seljani podignu crkvu i da će se tu iscelivati bolesni.
Narod se uskoro počeo okupljati i čudesnim moćima svetog mesta lečiti, pa je 1934. godine po blagoslovu svetog vladike Nikolaja Velimirovića, tada episkopa žičkog, na mestu gde se Bogorodica pojavila, podignut drveni hram posvećen njenom Pokrovu.
U komunističkom periodu 1977. godine započeta je, a već 1985-te zabranjena je gradnja velikog hrama. Nova crkva od čvrstog materijala, na mestu stare brvnare, završena je i osvećena tek 1998, na stogodišnjicu javljanja Presvete Bogorodice.
Crkvu Pokrova Presvete Bogorodice i manastir Đunis osvetio je srpski patrijarh Pavle.
Ikonostas u velikoj crkvi rad je ikonopisačke škole manastira Žiča. Ova svetinja dobila je status manastira 1964. godine kao metoh manastira Svetog Romana u Đunisu.
Manastir Đunis prvobitno je bio muški, da bi 1968. godine preobražen u ženski.
Meštani Đunisa i okolnih sela prepričavaju o čudesnoj moći svete vode sa izvora pored crkve, od koje mnogi slepi koji se napiju progledaju, nemi progovore, a nepokretni prohodaju.
Po legendi, Majka Božija je bacila krčag vode na kamen da bi označila mesto gde će se sagraditi crkva. I danas se on po predanju nalazi u maloj crkvi i po svedočenju starijih monahinja iz manastira krčag se tokom vremena uvećava.
