Proces islamizacije, prema mnogim istoričarima, najmasovnije je zahvatio Srbe, pravoslavne hrišćane, a za njim je, po ofanzivnosti, sledilo unijaćenje, odnosno pokatoličavanje. Nekada su naši stari, kako navode mnogi istoriografi, ukoliko su bili dobrostojeći i lukaviji – prelazili u islam, spasavajuči tako i telo i imetak. Drugi su spasavali svoje duše ostajući u pravoslavnoj veri i uzdajući se u krotkost i trpljenje, dok su treći dizali bune i ratovali i, tako, veru i naciju slili u jedno.
Nemuslimani su, kako navodi akademik Milan Vasić, u osmanskoj državi u svakom pogledu bili u podređenom položaju, iako su „uživali određenu zakonsku zaštitu». NJihova religija i verski život su tolerisani, ali u uslovima ograničenih verskih sloboda i stalnog verskog pritiska nikako nisu mogli da dođu do punog izražaja.
„Takva religiozna diskriminacija teško je pogađala balkanske hrišćane i ogledala se u svemu što je bilo vezano za crkvu i verski život, naročito u odnosu vlasti prema verskim objektima. Glavne crkve i manastiri u gradovima su gotovo redovno konfiskovani i pretvarani u džamije. Mnoge su porušene, a materijal od njih iskorišćen za gradnju drugih objekata. Neke su, zbog nemogućnosti da podmire svoje poreske obaveze prema državi, prodate i prilagođene drugoj nameni.
Zavedena su ograničenja kod obnove starih i podizanja novih crkava. Dopuštana je ponekad gradnja novih crkava, ali su one morale biti daleko od džamija, u krajevima gde nije bilo muslimana.
Zvonjenje i otvorene religiozne procesije ili litije, strogo su zabranjivani. Hrišćanski sakralni objekti i njihova materijalna dobra predstavljali su, uz to, metu nasrtaja od strane osmanskih funkcionera, pojedinaca i grupa. Faktori islamizacije bili su kompleksni, ali su oni ekonomske prirode imali najsnažnije dejstvo“ – piše Vasić.
S druge strane, čuveni srpski geograf Jovan Cvijić nastoji da kroz svoje etnografske studije o balkanskim narodima, prida naučni legitimitet uobičajenim predstavama o verskim preobraćenjima u islam. Ističe da se samim činom prelaska u drugu veru uvećava agresivnost balkanskog čoveka dinarskog tipa i navodi da „bivša braća“ postaju razdvojena i zidom verske netolerancije.
Mada teza o destruktivnom ponašanju verskih prebega u ispoljavanju osećanja krivice ima koren samo u narodnom predanju („Poturica gori od Turčina“), prema Cvijićevim navodima, netolerancija, suprotnost, zavist i mržnja se spontano razvijaju i intenziviraju kod verskih grupa gde se izdvojenost i zatvorenost izdiže na nivo ideologije, jer se pripadnost povezuje fundamentalnim stavovima o ljudskoj duši i njenom spasenju. Cvijić takođe smatra da je u Bosni prelazak na islam često bivao nasilan i to ne od strane Turaka nego od Srba ranije preobraćenih u muslimane. Cvijić tvrdi da je islamizaciji najviše podleglo bogumilsko i pravoslavno stanovništvo, tamo gde hrišćanstvo nije uhvatilo dubok koren. Otuda i pojava dvoverstva, odnosno kriptohrišćanstva.
Mada je turska okupaciona vlast 1568. godine izdala naredbu (fetvu) po kojoj se predviđaju surove kazne za one koji su samo formalno primili islam, ali se i dalje pridržavaju stare religije, dvoverci se sve do kraja 19.stoleća zadržavaju u selima i oblastima u udaljenim planinskim krajevima. Javno su bili muslimani, a kod kuće hrišćani. Pravoslavna crkva bila je trpeljiva prema svojim „šarenima“, jer je uvidela da na taj način može duže da ih zadrži. Tako, na primer, u nekadašnjem Novopazarskom sandžaku, kako se navodi u jednom spisu iz 1848. godine, bilo je porodica u kojima od dva brata „jedan veruje u Hrista, a drugi u Muhameda, jedan se krsti, drugi klanja“. U nekim kućama, kaže se dalje, „ima po tri brata i sva tri drže se da su Turci, a otac im je Srbin pravoslavac, sinovi klanjaju, otac se krsti, a kad dođe Bajram, Uskrs ili Božić, slave svi zajedno».
Kriptohrišćanstvo je cvetalo, tvrde istoričari, u južnoj Albaniji oko Berata i Elbasana, a na Kosovu i Metohiji u đakovici, Prizrenu i Peći, u Makedoniji u Tetovu, u Grčkoj u Solunu, na Kritu i Kipru. Dvoverci, „ljarmani“ ili „šareni“ susrecu se naročito među Albancima, ali je ranije bilo i kriptoortodoksnih Srba.
